Αν είναι 4GB partition, τότε ειναι FAT32 και το DOS 6 δεν τον βλέπει. Το DOS 6 μπορεί να δει <=2GB, εκτός κι αν το σύστημα είναι πολύ παλιό 486 ή ακόμα χαμηλότερο, όπου εκεί πλέον σε περιορίζει το BIOS στα πρώτα 512ΜΒ (αν και υπήρχαν λύσεις να δεις όλο το δίσκο). Για να κάνεις αυτό που λές, τότε πρέπει να σβήσεις το δίσκο ΜΕΣΑ ΑΠΟ ΤΟ dos, να φτιάξεις ενα partition 2GB (το μέγιστο δηλαδή), εκεί μεσα να βαλεις DOS ή αν δεν έχεις την εγκατάσταση του DOS, να τρέξεις ενα SYS C: και να κοπιάρεις τη BOOT DISK σε ενα φακελο c:\DOS πειράζοντας τα paths στα config.sys και autoexec.bat να βλέπουν στο φακελο αυτό, μετά στο ίδιο partition να εγκαταστήσεις Windows 3.11 και τέλος από πανω να βαλεις Windows 98, ΑΦΗΝΟΝΤΑΣ το partition ως FAT16. Οπότε μετά το υπολοιπο 2GB το δίνεις στα Windows 98 ως FAT32 ή ως FAT16 για να το βλέπει και το dos.
Μια αλλη παρόμοια λύση είναι να φτιάξεις ενα μικρό σε μεγεθος partition, π.χ. 512ΜΒ, να έχεις εκεί μεσα τα DOS/Win311 και μετά να ξεκινήσεις εγκατάσταση Windows 98, ορίζοντας όμως ως φάκελο εγκατάστασης το 2ο ανεκμετάλευτο partition, το οποίο θα φορμάρεις ΜΕΣΑ από την εγκατάσταση των Win98 ως FAT32 για να το δουν όλο. Στην περίπτωση αυτή, το DOS θα βλέπει μονο τα 512MB που του ορισες.
Ελπίζω να σε κατατόπισα.
ΥΓ. Υπαρχουν και 3rd party λύσεις, όπως π.χ. το παλιό κλασσικό System Commander, αλλα δεν είναι επί του παρόντος.